Původ mikroskopu lze vysledovat až do 16. století. Přestože pojem zvětšení a čočky byl znám již po staletí, právě v této době došlo k významnému pokroku ve vývoji optických přístrojů pro zvětšování malých objektů.
Zásluhu na vynalezení složeného mikroskopu, který používá více čoček ke zvětšení objektů, je často připisován nizozemskému vědci Zacharias Janssen. Kolem roku 1590 Janssen a jeho otec Hans Janssen, kteří byli výrobci brýlí, sestrojili mikroskop umístěním více čoček do tubusu. Tento raný mikroskop byl významným průlomem, protože umožňoval vyšší zvětšení a lepší jasnost ve srovnání s předchozími zvětšovacími zařízeními.
Mikroskop Hanse a Zachariase Janssenových měl omezení v tom, že trpěl chromatickou aberací, kdy se různé barvy zaostřovaly na různé body, což vedlo k rozmazaným snímkům. Tímto omezením se později zabýval další nizozemský vědec Antonie van Leeuwenhoek. Na konci 17. století Leeuwenhoek zdokonalil konstrukci mikroskopu a vyvinul vlastní výkonné čočky. Dosáhl pozoruhodného zvětšení a jako první pozoroval a dokumentoval mikroorganismy, jako jsou bakterie a prvoky, pomocí svých mikroskopů.
Leeuwenhoekovy mikroskopy byly jednoduché a jednočočkové přístroje známé jako „jednoduché mikroskopy“ nebo „mikroskopy Leeuwenhoek“. Tyto mikroskopy se skládaly z malé, vysoce kvalitní skleněné koule upevněné na kovové destičce, přičemž vzorek byl umístěn na špičce jehly. Pečlivým nastavením vzdálenosti mezi preparátem a čočkou Leeuwenhoek dosáhl až 270násobného zvětšení.
Vývoj a zdokonalování mikroskopů pokračovaly v průběhu staletí, s příspěvky dalších významných vědců, jako jsou Robert Hooke a Ernst Abbe. Hookova kniha „Micrographia“ publikovaná v roce 1665 předvedla jeho pozorování pomocí mikroskopů a popularizovala použití mikroskopů ve vědeckém výzkumu.
Dnes se mikroskopy staly nepostradatelnými nástroji v různých oblastech, včetně biologie, medicíny, vědy o materiálech a nanotechnologií. Vyvinuly se ve vysoce pokročilé přístroje schopné dosahovat neuvěřitelně vysokých úrovní zvětšení a rozlišení, což umožňuje vědcům prozkoumat složité detaily mikroskopického světa.