Mikroskop je jedním z největších vynálezů lidstva. Před jeho vynálezem se lidské představy o světě kolem nich omezovaly na používání pouhým okem nebo držení čoček, které pomáhaly vidět pouhým okem.
Mikroskopy otevřely zcela nový svět v lidském vidění, poprvé viděly vnitřní fungování stovek „nových“ drobných zvířat a rostlin, od lidských těl po rostlinná vlákna. Mikroskopie také pomáhá vědcům objevovat nové druhy a pomáhá lékařům léčit nemoci.
První mikroskopy byly vyrobeny v Nizozemsku na konci 16. století. Vynálezci byli Yas Jensen, holandský optik nebo jiný holandský vědec Hans Lipsch, který vyrobil jednoduché mikroskopy se dvěma čočkami, ale s těmito přístroji neprováděl žádná důležitá pozorování.
Dva lidé později začali používat mikroskopy ve vědě. Prvním byl italský vědec Galileo Galilei. Nejprve popsal hmyz mikroskopem podle jeho složených očí. Druhým byl holandský obchodník s plátnem Leeuwenhoek (1632-1723), který se sám naučil ostřit čočky. Poprvé popsal mnoho drobných rostlin a zvířat neviditelných pouhým okem.
V roce 1931 Ernst Ruska způsobil revoluci v biologii vyvinutím elektronového mikroskopu. To umožňuje vědcům pozorovat objekty o velikosti miliontin milimetru. V roce 1986 mu byla udělena Nobelova cena.